Papieski Instytut Studiów Kościelnych gromadzi oryginalne dokumenty stowarzyszeń, instytucji, ośrodków i wydawnictw polonijnych oraz polsko-włoskich, kolekcje i spuścizny po osobach prywatnych. Ponadto fotografie dotyczące uroczystości polonijnych, zabytków architektury – zwłaszcza religijnej, wybitnych postaci życia religijnego i polonijnego, zbiory plakatów, afiszy i druków ulotnych.

W ramach pomocy instytucjom polonijnym organizowanej przez Naczelną Dyrekcję Archiwów Państwowych, z wykorzystaniem funduszy pochodzących z programu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, pracownicy archiwów państwowych prowadzą w Instytucie prace porządkowo-inwentaryzacyjne archiwaliów.

Digitalizację opracowanych zespołów wykonuje Instytut Pamięci Narodowej.

Wykaz zewidencjonowanych i będących w trakcie opracowania zespołów archiwalnych:

Nr zespołu	Nazwa zespołu i daty skrajne
1	Spuścizna Witolda Bronowskiego [1856-] 1914-1969
2	Ambasada RP przy Stolicy Apostolskiej 1920-1976 [1977]
3	Spuścizna Karola Kleszczyńskiego [1861] 1917-1996
4	Towarzystwo Studiów Irańskich w Teheranie [1925] 1942-1945 [1946]
5	Polska Rada Oświatowa w Libanie 1947-1948
6	Instytut Polski w Bejrucie [1944] 1945-1949
7	Spuścizna Stanisława Kościałkowskiego 1924-1950
8	Spuścizna Kazimierza Papèe [1863-] 1895-1978
9	Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących Millennium 1955-1990
10	Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie 1939-2016
11	Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących arcybiskupa Józefa Gawliny 1942-2006
12	Spuścizna literacka Wojciecha Bąka 1936-1938 [1964-1980]
13	Spuścizna Stefanii Okuniewskiej [1851-] 1892-1973
14	Spuścizna rodziny Szenwiców 1913-1977 [1978]
15	Ambasada RP w Rzymie – szczątek zespołu 1926-1930
16	Radca handlowy przy Ambasadzie RP w Rzymie 1934-1939
17	Poselstwo RP w Pradze – szczątek zespołu 1938-1939
18	Katolicka Służba Pomocy w Bejrucie 1949-1959
19	Polskie Liceum i Gimnazjum Ogólnokształcące w Rzymie [1937-] 1944-1946 [-1948]
20	Instytut im. Mikołaja Kopernika w Rzymie 1946-1947 [1948]
21	Spuścizna Jerzego Langmana 1940-1982 [-1990] – w trakcie opracowania
22	Spuścizna rodziny Siemiradzkich 1852-1973
23	Spuścizna Karola Badury 1914-1983 [-2001]
24	Hospicjum Polskiego Związku Kawalerów Maltańskich w Rzymie 1960-2004
25	Spuścizna Witolda Wehra 1948-1967
26	Redakcja dwumiesięcznika „Przemiany” 1967-1969
27	Kompania Żołnierzy Polskich w Algierii 1941-1942
28	Komitet Solidarności z „Solidarnością” we Włoszech 1981-1990 [1991]
29	Spuścizna Stanisławy Połotyńskiej 1939-1981
30	Zbiór materiałów archiwalnych dotyczących Banku Leków „Na Ratunek” 1980-2003
31	Redakcja kwartalnika „Duszpasterz Polski Zagranicą” 1950-1999
32	Zbiór fotografii kardynała Stefana Wyszyńskiego 1906-1981– w trakcie opracowania